吃完益生菌后出現隱隱的疼痛可能有以下幾種原因：

　　1. 身體對益生菌的反應：有些人在初次服用益生菌時可能會出現肚子不適或輕微的疼痛。益生菌在腸道中增殖時會產生氣體或對腸道產生輕微的刺激，引起消化系統的不適。

　　2. 過敏反應：個別人對益生菌中的某些成分可能存在過敏反應，導致肚子疼痛。過敏反應可能伴隨其他癥狀，如皮膚發紅、發癢、呼吸困難等。如果出現這些癥狀，建議停止使用益生菌并咨詢醫生。

　　3. 個體差異：每個人的腸道菌群和腸道健康狀況不同，對益生菌的反應也會有所不同。有些人可能會對益生菌過度反應，出現肚子疼痛。在這種情況下，可能需要減少劑量或選擇其他種類的益生菌。

　　如果疼痛持續或加重，建議及時咨詢醫生，了解具體原因并得到相應的治療建議。