腸道菌群取樣方法主要有兩種：非侵入性采樣和侵入性采樣。

　　1. 非侵入性采樣：這種方法適用于一般的菌群研究。常見的非侵入性采樣方法包括：

　　- 糞便樣本采集：通過收集個體的新鮮糞便樣本進行分析。這種方法簡單易行，且對個體沒有傷害，能夠獲得較為全面的腸道菌群信息。

　　- 電子便盆采樣：通過使用帶有集尿杯的電子便盆，可以收集到較為純凈的糞便樣本。

　　2. 侵入性采樣：這種方法適用于一些特殊的菌群研究。常見的侵入性采樣方法包括：

　　- 結腸鏡取樣：通過直腸插管和結腸鏡，將標本采集到結腸內。這種方法可以獲取細菌在結腸的分布情況，但對個體有一定的傷害和不適感。

　　- 小腸穿刺：需要經過醫生的專業操作，通過穿刺法從小腸內獲取樣本。這種方法對個體傷害較大，一般用于特殊研究，如炎癥性腸病等。

　　無論是哪種方法，都需要保持樣本在采集后盡快進行處理，并嚴格遵守消毒和無菌操作的要求，以保證菌群的準確性和可靠性。