石斑魚的顏色因品種而異，但大多數石斑魚的身體呈灰色或棕色，身上布滿了黑點和線條。當它們年齡增長、體長增大時，部分品種的身體顏色會變成鮮艷的紅色或橙紅色，這多是因為魚的色素細胞在生長過程中產生了變化所致。在養殖和捕撈過程中，也有人為地培育和選擇出紅色的石斑魚，作為高檔魚類的一種，這樣的石斑魚通常價格較高。