糞大腸菌群主要包括以下菌：
1. 大腸桿菌（Escherichia coli）
2. 腸球菌（Enterococcus）
3. 糞鏈球菌（Streptococcus faecalis）
4. 腸桿菌（Klebsiella）
5. 梭菌（Clostridium）
6. 厚壁菌（Bacteroides）
7. 綠膿桿菌（Pseudomonas aeruginosa）
8. 硫酸鹽還原菌（Desulfovibrio）
9. 臂球菌（Bifidobacterium）
10. 雙歧桿菌（Lactobacillus）等。
