目前的研究表明，菌群失調可能會影響睡眠質量。一些研究發現，腸道微生物與睡眠質量及睡眠時長之間存在著關聯。特定的菌群的豐度與睡眠質量和時長之間有顯著的相關性。

　　例如，一些研究發現，人體內的某些菌群可以影響褪黑素的合成，從而影響人體的生理時鐘和睡眠-覺醒周期。另一些研究表明，嗜酸乳桿菌可以改善睡眠質量和縮短入睡時間。

　　保持腸道微生態平衡可能對改善睡眠質量有益。但目前的研究仍處于探索階段，還需要更多的研究來證實這些結果。