糞便中的細菌數量會因為不同的環境和人的健康狀況而有所不同，但是糞便中細菌數量通常非常高，可能高達 1000 多個種類的細菌，總數可以達到數十億甚至上百億。其中絕大部分都是有益菌群，如腸道菌群，這些細菌有助于消化食物、合成營養物質，維持身體健康。但也有少量的潛在致病菌存在，如沙門氏菌等，需要特別注意。