1. 消化系統疾病：如胃腸炎、腸易激綜合征、克羅恩病等。

　　2. 抗生素使用：抗生素廣譜殺菌，除了目標病菌外也會殺死有益菌，導致腸道菌群失衡。

　　3. 飲食因素：高脂肪、高糖、高鹽、低纖維等不良飲食習慣會對腸道微生物群落結構和功能產生不良影響。

　　4. 精神因素：壓力、焦慮、抑郁等情緒因素會干擾神經腸道反應，從而影響腸道菌群平衡。

　　5. 其他因素：如肥胖、長期疾病、長期藥物治療等，均可能導致腸道菌群失調。