菌群置換術通常用于治療慢性腸道疾病，如腸易激綜合癥、克羅恩病、潰瘍性結腸炎等。這些疾病的發生與腸道菌群失調有關，通過置換菌群可以重建腸道微生態平衡，緩解癥狀并減少復發率。菌群置換術也可用于治療特定細菌感染，如難治性CDiff感染，通過置換健康的腸道菌群來消除病原菌。菌群置換術是一項安全且有效的治療方法，但并不適用于所有腸道疾病，需要嚴格按照醫生建議進行操作。