衣原體是一類細胞內寄生的微生物，它們的遺傳物質和細胞結構與細菌有很大的不同。在形態結構上，衣原體的大小比大部分細菌小，它們沒有細胞壁，且沒有一些細胞器如線粒體和葉綠體。衣原體的DNA排列方式也不同于細菌，它們的DNA分散在原生質內而不是呈現出典型的細菌核。衣原體的代謝方式與細菌也有顯著區別，衣原體不能自主合成ATP，需要從宿主細胞中獲取能量。