人類腸道里最常見的細菌是雙歧桿菌（Lactobacillus）和腸球菌（Bifidobacterium），它們屬于有益菌群。腸道中還存在一些有害細菌，如大腸桿菌（Escherichia coli）和沙門氏菌（Salmonella）。正常情況下，有益菌群會占據腸道的主導地位，對身體健康有益。