三大菌群分別是細菌、真菌和病毒。細菌是一類單細胞生物，可以在自然界中廣泛存在，包括土壤、水體和人體等環境中。真菌是一類多細胞生物，具有真核細胞和細胞壁，常見的有霉菌、酵母菌、蘑菇等。病毒是一類非細胞生物，無法獨立生存，必須寄生在其他細胞內才能生存和繁殖。它們分別在生態系統、醫學、生物學等領域起著重要作用。