菌群轉變指的是生態系統中菌類群體的結構和組成發生的變化。它包括菌種數量的增減、不同種類的菌類的相對比例的變化，以及菌群的功能和生態位的改變等方面。菌群轉變可以是自然的，也可以是受到人類活動的影響而發生的。例如，自然因素如氣候變化、土壤質量的變化等可以導致菌群轉變；而人類活動如農業實踐、工業污染等也會對菌群結構產生影響。菌群轉變對生態系統的穩定性和功能具有重要影響，因此對菌群轉變的研究也是生態學和環境科學等學科的重要研究內容之一。