菌群失調可以通過飲食調整、補充益生菌等方法進行治療。但具體治療方案需要根據個體情況而定。在治療過程中，需要注意飲食均衡、避免過度消毒、避免過度使用抗生素等。保持良好的生活習慣、加強鍛煉和減輕壓力等也有助于恢復菌群平衡。但菌群失調有時可能是疾病的表現，若伴隨嚴重的消化道癥狀或持續時間長等情況應及時就醫。