細菌的種類大體上可以分為五大類：

　　1. 球菌（cocci）：形狀為球形或卵圓形，包括鏈球菌、葡萄球菌等。

　　2. 桿菌（bacilli）：形狀為桿狀或長條狀，包括大腸桿菌、結核桿菌等。

　　3. 彎曲菌（spirilla）：形狀為螺旋狀或彎曲的形態，包括鉤蟲、霍亂弧菌等。

　　4. 放線菌（actinomycetes）：形狀為長絲狀或有分枝的菌落，包括青霉素產生菌等。

　　5. 原生菌（protozoa）：雖然其本質上不是細菌，但是在微生物學中也被分類為一類，包括阿米巴、錐蟲等。