菌群失調是指腸道內正常微生物數量或種類的不平衡，可能會導致消化不良、腹瀉、便秘、腸脹氣等情況。而腸功能紊亂一般指腸道的運動、吸收、分泌等功能異常，常見的包括腸易激綜合征（IBS）、功能性便秘等。腸功能紊亂的癥狀可能與菌群失調有所重疊，但兩者的本質不同，治療方法也略有不同。