菌落不合格指的是在微生物檢測中，培養出的菌落數量或品質不符合規定的標準。這可能意味著菌落數量過多，表明樣品中存在較高的微生物污染，或者菌落的特征與規定不符，表示可能存在致病微生物或其他不符合要求的菌種。在食品、藥品、環境等領域的檢測中，菌落不合格可能暗示著衛生問題或質量安全風險。