紫菜的顏色主要來自它體內的葉綠素、類胡蘿卜素和藻膽素等色素。與其他海藻不同，紫菜的葉綠素a含量較低，而葉綠素b、c、d含量較高，同時還含有較多的藻膽素和類胡蘿卜素等不同種類的色素，這些色素的混合使得紫菜呈現出深紫色或深紅色。雖然紫菜屬于海藻類，但它的顏色不是綠色的。