軟壁菌門（Zygomycota）是真菌界中的一個門，包括了一些較原始的真菌。軟壁菌門中的大部分物種都是腐生菌，它們以分解有機物質為生，參與了土壤養分循環和有機物質降解等過程。從生態學角度來看，軟壁菌門可以被認為是有益菌。它們可以幫助分解植物殘體、動物尸體和其他有機廢棄物，促進有機物質的循環利用。軟壁菌門中的一些物種也被用來生產食品（如面包、奶酪等）和藥物（如抗生素）等。軟壁菌門在農業、食品工業和藥物研發等領域也具有重要的應用價值。軟壁菌門可以被認為是一類有益的真菌。