菌群抑制通常是由其他微生物種類的存在和生長所引起的。某些微生物會產生抗生素、酸和其他化合物，在它們的生長環境中創造出有利于它們自身的環境，并且抑制其他微生物的生長。在某些情況下，菌群抑制可能是一種自然防御機制，幫助微生物保護自己免受競爭者的侵害。